英国人撤走，照例又是内战。阿尤布不甘心屈居阿卜杜尔·拉赫曼之下，于1881年7月率1.2万人的大军击败了阿卜杜尔·拉赫曼的王家军队，占领了坎大哈。阿卜杜尔·拉赫曼在回忆录中写道：

第一，当时没有钱来支付军饷和政府其他费用；第二，没有武器、弹药或军需品……我从前曾经说过，我最初继承喀布尔王位时，我的日子并不好过。相反，我到处遇到各种各样的困难。这时，我首先开始认真对付我自己的亲属，我自己的臣属以及我自己的人民。我刚在喀布尔安顿下来，还没有时间作军事准备，忽然发现我自己不得不去打仗了。

阿卜杜尔·拉赫曼远比阿尤布高明，他看准了阿尤布出兵坎大哈、造成赫拉特后方空虚的弱点，采取了突袭赫拉特、决战坎大哈的战略。他派出一路奇兵轻而易举地占领了赫拉特，让阿尤布前方军心不稳。8月，他率大军从喀布尔出发，在坎大哈城下与阿尤布决战。阿卜杜尔·拉赫曼回忆：

整整两个小时内，战斗十分剧烈，而且不分胜负……我的军队开始从两侧后退一些，但位于中央的主力部队由于我亲临督战，倍受鼓舞，打得很出色。当我向前冲去时，阿尤布的部队开始露出怯懦的迹象，我原先四个团的步兵——在吉里什克挫败后已投向阿尤布——便改变了自己的主意。在我统治以前，受过训练的士兵们通常都有这样的习惯，即他们一看到此方强于彼方时，便离开弱者而投靠强者。因此，这四个团看到胜利正转向我方，立刻就向着同我军苦战中的阿尤布军队开火了。

阿尤布军队被击溃，阿卜杜尔·拉赫曼取得了坎大哈战役的胜利。

阿卜杜尔·拉赫曼大肆屠戮阿尤布的余党，他写道：“一个曾指控我为异教徒的毛拉，这时竟藏在先知的长袍下。我下令说，他这只恶狗是不应该留在圣洁的庇护所的。说罢就把他从屋里拖出来，我亲手把他宰了。”英国人据此以阿卜杜尔·拉赫曼的口吻写下诗句：

那些冥顽不灵的毛拉们曾对我侧目怒视，整日播道祈祷；

他们发誓赌咒，死盯着我的进军，直到我把阿尤布打得狼奔豕突；

他们只相信经书条文，殊不知国王的选择者是利剑；

如今二十人早已沉默和僵硬，因为我已经替天行道。

失去了根据地的阿尤布先是逃到波斯，1888年又流亡到英属印度，靠领取英属印度政府的养老金了却残生。如此，从1881年到1901年，阿富汗终于进入了继1863年之后，本国历史上又一次难得的统一时期。

阿卜杜尔·拉赫曼统治之初，阿富汗依旧地方群雄分立。阿卜杜尔·拉赫曼自己后来在回忆录中写道：

每一个部族和村子的每一个毛拉和酋长，总是自以为是一个独立的国王……他们的暴虐和残酷是令人发指的。砍下男男女女的头，放在烧红的铁板上，欣赏这些人头活蹦乱跳，这就是他们爱开的一个玩笑。

事实上，阿卜杜尔·拉赫曼本人的统治同样铁腕而残酷。这与自己的堂弟、阿富汗土耳其斯坦总督伊萨克汗宽厚温和的统治方式形成了鲜明的对比，人心开始渐渐归于伊萨克汗。早年伊萨克汗曾与阿卜杜尔·拉赫曼一同流亡，阿卜杜尔·拉赫曼开始统治的头一年即任命伊萨克汗为土耳其斯坦总督，对着《古兰经》起誓，给他绝对的信任。阿卜杜尔·拉赫曼说：“我丝毫不会考虑他的不忠，我曾把最好的步枪和武器交给他使用，因为他面对着俄国边界。”

1886年，阿卜杜尔·拉赫曼身患重病，随后有谣传说他病死。伊萨克汗遂自立为王，铸造钱币，举兵叛乱。

1888年9月，阿卜杜尔·拉赫曼的王家军队与伊萨克汗的军队进行了决战。伊萨克汗的精锐部队所向披靡，王家军队纷纷败退。就在即将分出胜负的关键时刻，一个极偶然的事件改变了战局：一支王家骑兵奔向伊萨克汗临阵指挥的山头，准备向他投降；伊萨克汗却以为这是一支直捣黄龙、前来活捉自己的奇兵，赶紧只身逃走。主帅逃跑，伊萨克汗的军队顿时慌作