“尽快发现敌人”成了驻阿富汗苏军的首要任务，调整原有编制和作战方式成为当务之急。1980年7月，苏军从阿富汗撤走了一批多余的部队，其中包括1个坦克团、3个战术导弹营、3个反坦克炮营、1个高射炮兵旅和1个防空导弹旅，留在战区的部队进行大规模编制和战术调整，将结构臃肿的摩托化步兵师改编为旅，下辖灵活机动并能独立作战的营或战斗群，并以营确定为基本战斗单位。后来的实践证明，一个营基本能完成战场上大部分任务。按照具体情况，一些步兵连或空降兵排也可确定为基本作战单位。为应对突发事件，苏军还将一些加强营改造为作战值班分队，它们装备较多的装甲车辆，以保证人员和武器输送，人员编制也可随时增加。

不过，这些措施只是临时的，不能从根本上解决问题。阿富汗游击队还是能一如既往地躲过苏军扫荡。1980年10月，土耳其斯坦军区司令员在写给国防部长乌斯季诺夫元帅的报告中说：“（阿富汗）爆发大规模军事行动的可能性正在降低，我认为我军下一步行动应当做出调整，侧重于号召当地人发起打倒‘反革命武装’的群众性运动……”然而，“军人就应当打仗”的思想仍在莫斯科占据上风，他们要求苏军继续用简单粗暴的武力清剿行动解决敌人；这种策略只能使阿富汗的抵抗运动越来越激烈。苏军驻阿富汗战役集群司令员索科洛夫大将曾向莫斯科保证，在1981年11月7日“十月革命节”前结束对阿富汗“反革命武装”的清剿工作。这无异于天方夜谭，因为苏军无论在组织结构还是人员装备上都没做好准备。

1980年3月，在美国和巴基斯坦的安排下，白沙瓦的六个逊尼派组织的首领第一次坐在了一起。他们共同谋划联合反苏的策略，决定成立一个同盟组织。但这一设想刚一提出就遭到了伊斯兰党领袖希克马蒂亚尔的强烈反对，他不愿意将自己的兵力交由他人指挥，其他几个领导人也显得不很情愿。但在最后，由于美巴两国的极力促成，其余五个党的领导人还是勉强联合在一起，共同宣布成立“解放阿富汗伊斯兰同盟”，并推举刚刚从监狱里逃出来的穆斯林知识分子阿卜杜勒·拉斯·萨亚夫教授为领袖。

五个党的联合实际上是貌合神离的。各党的领导机构并没有合并成统一的组织，五个党的领导人仍然各自保持独立，不断发生争吵，各自领导着自己的一派人马，不承认萨亚夫的权威地位。虽然这次合作并没有取得实质上的成绩，但毕竟从形式上为反苏的各派组织提供了一个合作的模式。

随着白沙瓦内几个领导人对联合的探索，在阿富汗国内的各个游击队也得到了迅速壮大，到1980年上半年，游击队的兵力已由1979年的4万人发展到了10万人。苏军的侵略和保卫家园的热情使阿富汗人纷纷选择了参加游击队的道路。游击队人数的迅速增加，带动着游击战的战场也在迅速扩大。到1980年中期，阿富汗城市和农村的游击战都开展起来了。

抵抗苏军的游击战争是以“圣战”的名义进行的，阿富汗游击队员被称之为“穆贾希丁”，意即“进行圣战的人”或“圣战者”，外部世界常常将他们意译为——“自由战士”。

阿富汗的城市建筑众多，街巷复杂，是开展游击战的有利地形。在喀布尔、坎大哈、赫拉特等地，战斗尤为频繁和激烈，这些地方，黑夜和白天轮流掌握在游击队和苏军的手中。白天，苏军在各大街道上巡逻，阿富汗政府官员们也都沉稳自如地走入自己的工作部门；但是太阳刚一落山，他们无不惊慌地逃入由苏军严密守控的住宅区，尽管那里偶尔也会遭到一阵枪击或是几枚火箭弹的偷袭，但相比较而言，那里仍是最安全的地方。

因为在夜晚，城市已成了游击队的天堂。他们成群结队，攻击政府大楼、广播电台，暗杀阿富汗政府官员和苏联军人。而白天一来，他们则不见了，街上走着的仍是阿富汗市民和巡逻的苏军士兵。

阿富汗游击队员神出鬼没，城市游击战开展得如此成功，更主要的是得益于城市中组织严密的联络网和游击队领导人