佐久间清太郎被转到秋田刑务所的禁闭室后不久，1942年4月18日，美国的中型轰炸机飞到了日本本土上空。

其征兆在4月10日就已经显现。日本海军军令部1根据潜艇发来的有关美军行动的情报和无线电监听判断，那天下午6点30分左右，由两至三艘航母组成的美军机动部队在太平洋上向西挺进，进入珍珠港西北方向约四百海里处，并由此察觉到14日左右有企图空袭东京的迹象。

因此，军令部命令以木更津、南鸟岛为基地的空中侦察机，在七百海里圈内搜索敌人，同时命令航空部队采取强有力的迎击态势。另外，命令正在从印度洋回日本本州途中的第一航空舰队快速进击估计有美军机动部队进入的海面。第一航空舰队由南云忠一中将指挥，拥有航母“赤城”和战舰“榛名”“金刚”。

军令部的判断非常准确，由威廉·F.哈尔西2中将指挥，以航母“企业号”“大黄蜂”为主干的美国机动部队悄悄接近日本本土。哈尔西的作战计划是首先从日本东侧四百海里处起飞一架轰炸机，于4月18日夜里到达东京上空，投下燃烧弹，并以轰炸产生的火灾为目标，后续十二架飞机进入东京，另有三架飞机攻击名古屋、大阪、神户，然后各自朝中国方向撤退，翌晨在中国军队占领区的机场着陆。

4月18日上午6点30分，军令部收到从“日东丸”监视艇发来的第一份情报，说发现美军机动部队。监视艇在离本土七百三十海里的海上秘密配置了多艘。军令部立即向各方面发出采取迎击态势的指令，但推断空袭绝对不可能在19日上午之前进行。这是推测航母上搭载的舰载机续航距离短，并在空袭东京后必须回到航母上，需要让航母更靠近本土，计算其所需时间才得出这样的结论。

然而，美国航母上搭载的不是舰载机，而是陆军使用的续航距离长的双发动机飞机——北美飞机制造公司的B25。这对日本军令部来说完全出乎意料。但美国机动部队也犯了巨大失误，被日本监视艇发现了。因此，哈尔西不得不改变作战计划，于4月18日上午7点25分，在离东京六百八十八海里的位置上同时起飞，舰队掉头快速退到东方洋面上。

那天下午1点，攻击机群低空进入东京，扫射、轰炸横须贺、名古屋、四日市、神户各市后，退到中国。日本方面的损失是死亡四十五人，重伤一百五十三人，房屋全烧毁一百六十间，半烧毁一百二十九间，房屋倒塌二十一间，半倒塌两间。

这次空袭给各个方面都造成了很大冲击，对统辖日本全国刑务所的司法省行刑局也产生了重大影响。

预计到战事一开后会遭到美军空袭，司法大臣岩村通世于一个半月前的3月2日，向各刑务所发布了《刑罚执行非常警备规程》，作为应对空袭的训令，指示以构筑防空避难所为主，在刑务所区域内准备大量简易壕沟。各刑务所根据此指示，派出犯人挖掘壕沟。

司法省意识到由于美国飞机的空袭，刑务所的建筑完全有可能会遭到破坏。假如真的遭遇这样的事态，会导致很多犯人逃跑，国内治安会陷入巨大的混乱。大正时代3平均每年发生二十人左右的逃跑事件。发生关东大地震的1923年由于刑务所倒塌、破损，有四百二十八人逃跑。即使从这些案例来看，也能充分预计到空袭会导致重大事故发生。

行刑局局长正木亮重新调查那年从1月到4月底全国刑务所的逃跑人数，对逃跑人数与历年同期相比增加颇为关注。1939年七人，1940年六人，1941年九人，1942年达到十一人。虽然十一人全部被抓获，但增加的原因是战争开始以来，为弥补劳动力不足，犯人被动员在刑务所外参加劳动，由此增加了逃跑的机会。同时，为了填补看守编制缺口而采用新人，导致看守的素质降低，这也是原因之一。

正木亮担忧这种倾向会蔓延，向全国各刑务所所长发出了电报，内容为：“最近发现各刑务所逃跑事件频发，在确保战时国内治安和保持刑罚执行的权威上，实在是不胜遗憾。鉴于形势的需要，希望